原子能院下設(shè)5個研究所：核物理研究所、反應(yīng)堆工程研究設(shè)計所、放射化學(xué)研究所、同位素研究所、核技術(shù)應(yīng)用研究所，所下設(shè)研究室或中心；下設(shè)10個工程技術(shù)和研究部：中國實驗快堆工程部、中國先進研究堆工程部、串列加速器升級工程部、串列加速器升級工程技術(shù)部、放射性“三廢”設(shè)施治理工程部、核燃料后處理放化實驗設(shè)施工程部、中國核工業(yè)科技館工程部、反應(yīng)堆工程設(shè)計部、放射性計量測試部、輻射安全研究部；另有原子高科股份有限公司、實驗工廠、電子儀器廠、核電技術(shù)服務(wù)中心等20余個產(chǎn)業(yè)實體；中國核數(shù)據(jù)中心、中國快堆研究中心、北京串列加速器核物理國家實驗室、國家同位素工程技術(shù)研究中心、國防工業(yè)電離輻射計量一級站、核工業(yè)核保障技術(shù)重點實驗室等設(shè)在這里。